Pernyataan bernada ancaman yang dilontarkan Sekretaris Kabinet (Seskab) Dipo Alam mengenai kinerja menteri, mendapat kecaman dari Partai Amanat Nasional (PAN).
20 Oktober 2011, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono melakukan pergantian terhadap menterinya di Kabinet Indonesia bersatu jilid II. Diperkirakan tahun 2012 mendatang, masih akan terjadi pergeseran posisi menteri.
Hal itu terlihat dari hasil reshuffle kabinet oleh SBY. Tiga kementerian yakni Kemenakertrans, Kemenpora dan Kemendiknas yang disebut-sebut tersangkut kasus hukum, menterinya tidak terkena reshuffle.
Gusti Muhammad Hatta mengaku lebih berat menjalankan tugas sebagai Menteri Lingkungan Hidup (LH) daripada menjadi Menteri Riset dan Teknologi (Menristek) yang dijabatnya saat ini.