Pada 12 September 1943, Skorzeny secara langsung memimpin penggerebekan upaya penyelamatan tersebut dengan mengarahkan timnya ke puncak gunung Gran Sasso di glider dan mendarat di Campo Imperatore Hotel tempat Mussolini ditahan. Mussolini pun berhasil diselamatkan tanpa satupun tembakan dilontarkan. Ia lalu dibawa melalui Roma dan menuju Berlin.
Berkat aksinya itu Skorzeny dipromosikan ke pangkat Sturmbannführer (Mayor) dan dianugerahi Salib Ksatria dari Salib Besi. Penyerbuan yang sukses ini memperkuat hubungannya dengan Hitler. Bahkan Winston Churchill pun terkesan dan ia mengatakan bahwa serangan tersebut merupakan salah satu tantangan besar. Skorzeny mengambil bagian dalam atau merencanakan beberapa operasi menantang lainnya selama perang, termasuk usaha gagalnya untuk membunuh Churchill, Stalin, dan Roosevelt pada Konferensi Teheran pada 1943.
Skorzeny tengah. (Foto: The Vintage News)
Operasi terakhirnya adalah pada saat Pertempuran Bulge pada akhir 1944 ketika ia dan pasukannya menyusup ke jalur Sekutu dengan menyamar menggunakan seragam tentara Amerika Serikat (AS). Sayangnya, aksi Skorzeny ini terendus oleh tentara AS. Pihak sekutu kemudian menangkapnya dan beberapa anak buahnya lalu menyebarkan desas-desus bahwa Skorzeny bermaksud memimpin sebuah serangan di Paris untuk membunuh Jenderal Eisenhower.
Eisenhower kemudian memasang poster "Wanted", dengan deskripsi rinci tentang Skorzeny, di seluruh wilayah yang dikuasai oleh Sekutu. Sebagian besar tentara Jerman yang ambil bagian dalam operasi ini ditangkap dan banyak yang ditembak sebagai mata-mata karena memakai seragam AS. Skorzeny menghabiskan bulan-bulan terakhir perang dengan memimpin pasukan reguler sebagai Mayor Jenderal di Prusia Timur. Sebelum perang usai, ia dianugerahi penghargaan tertinggi di Victoria.
Namun, tak lama kemudian Skorzeny diadili sebagai bagian dari uji coba Kejahatan Perang Dachau karena membiarkan anak buahnya mengenakan seragam tentara AS. Ia berpendapat bahwa mengenakan seragam itu tidak menjadi masalah asalkan mereka membuangnya sebelum terlibat dalam pertempuran. Skorzeny ditahan di penjara karena ia menghadapi tuduhan lain dari berbagai negara, namun dengan gaya Skorzeny yang khas, ia berhasil lolos.