Beberapa ahli berpendapat bahwa keberadaan VOC kala itu bukan menjadi awal penjajahan melainkan masa kapitalisme terjadi, karena tujuan Belanda saat itu hanyalah berdagang. Melainkan masa penjajahan yang sebenarnya dimulai sejak VOC bangkrut dan seluruh sistem pemerintahan diambil alih oleh Belanda di tahun 1800.
Mulai dari tahun 1800 hingga 1942 lah kemudian dapat dikatakan Belanda secara sepenuhnya menjajah Indonesia. Karena mulai saat itu seluruh pemerintahan diambil alih oleh pemerintahan Belanda. Kemudian pada 1942 pasukan Belanda berhasil dipukul mundur oleh pasukan Jepang yang datang ke nusantara.
Belanda Menguasai Batavia
Walaupun dapat dikatakan Belanda memegang seluruh pemerintahan pasca runtuhnya VOC, namun berdirinya VOC menjadi awal yang dapat membuka kesempatan bagi Belanda untuk secara perlahan memperluas pengaruhnya di Indonesia.
Berawal dari menguasai Jayakarta di tahun 1619, yang kemudian diubah namanya menjadi Batavia. Setelah diambil alih secara keseluruhan, di Batavia lah Belanda mulai membangun benteng, parit, dan gaya arsitektur bangunan yang mirip dengan kota di Belanda.