Pendidikan yang ditempuh Raja Juli juga tak main-main. Dia menamatkan gelar sarjana di IAIN Syarif Hidayatullah (sekarang UIN Jakarta) pada 2001 dengan riset berjudul Ayat-ayat Jihad: Studi Kritis terhadap Penafsiran Jihad sebagai Perang Suci.
Pendidikan masternya di The Department of Peace Studies, Universitas Bradford, Inggris, setelah mendapatkan beasiswa Chevening Award pada tahun 2004, dan menyelesaikannya dengan tesis yang berjudul The Conflict in Aceh: Searching for A Peaceful Conflict Resolution Process.
Dengan beasiswa dari Australian Development Scholarhip (ADS) pada 2010, Raja Juli meneruskan studi doktoral di School of Political Science and International Studies pada Universitas Queensland, Australia. Ia berhasil mendapatkan gelar Ph.D dengan disertasi berjudul Religious Peacebuilders: The Role of Religion in Peacebuilding in Conflict Torn Society in Southeast Asia, dengan mengambil studi kasus Mindanao, Filipina Selatan dan Maluku, Indonesia.
(Arief Setyadi )