Pada 1830, Jenderal Bangasawan Belanda, Hendrik Merkus De Kock, berhasil mengepung pasukan Pangeran Diponegoro di Magelang, Jawa tengah. Hal itu membuat Pangeran Diponegoro terpaksa menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat kalau sisa anggotanya harus dilepaskan.
Kemudian, Pangeran Diponegoro berhasil ditangkap dan dibawa ke Manado untuk diasingkan dan dipindahkan ke Makassar setelahnya. Pemindahan tersebut dikarenakan Belanda mengalami situasi darurat politik internasional pada saat itu sehingga proses pemindahan pun dilakukan diam-diam.
Sejak 1833, Pangeran Diponegoro ditempatkan di Benteng Fort Rotterdam, Makassar dengan penjagaan yang jauh lebih ketat dibandingkan di Manado. Bahkan, ia tidak diizinkan berkeliaran di luar benteng sehingga ia menghabiskan waktu dengan menyusun naskah dengan judul Sejarah Ratu Tanah Jawa dan Hikayat Tanah Jawa.
Pangeran Diponegoro meninggal dunia tepatnya pada 8 Januari 1855. Bahkan, tidak ada masyarakat yang mengetahui berita pengasingan Pangeran Diponegoro sampai pada akhirnya setelah Pangeran Diponegoro wafat, barulah diketahui adanya pejuang yang selama ini menghabiskan 25 tahun hidupnya di pengasingan.