Infrastruktur KSPN yang dibangun Kementerian PUPR mencakup konektivitas seperti penanganan jalan dan jembatan, bidang sumber daya air seperti pembangunan tampungan air dan infrastruktur pengendali banjir, bidang permukiman diantaranya penataan kawasan dan peningkatan kapasitas tempat pembuangan sampah, dan bidang perumahan meliputi pembangunan sarana hunian pendukung Kawasan Pariwisata.
Di samping itu, berkaitan dengan Pandemi COVID-19 terdapat beberapa masukan Standar Protokol Keamanan dan Keselamatan Terpadu di destinasi pariwisata, antara lain penyediaan toilet dengan kualitas bintang 4 untuk KSPN Labuan Bajo dan Borobudur yang premium serta bintang 3 untuk KSPN lainnya.
Kemudian, penyediaan fasilitas cuci tangan di area-area pedestrian dan destinasi wisata (pasar/UMKM/area souvenir), pelayanan bagi difabel, jaringan dan alat komunikasi, serta dukungan peralatan serta alat transportasi yang baik dan siap digunakan untuk antisipasi kondisi darurat dan bencana.