Setelah itu, ia memperdalam ilmu pengetahuan agamanya dengan berguru kepada Sunan Ampel di Ampeldenta Surabaya. Di sana, ia bersahabat dengan putra-putri Sunan Ampel. Termasuk juga dengan putra Prabu Brawijaya V, yaitu Pangeran Jimbun, Syarif Hidayatullah dari Cirebon, Raden Said, dan sebagainya.
Ada pengalaman menarik saat Raden Ja'far Shodiq menunaikan ibadah haji di Makkah Arab Saudi, yang pada saat itu sedang dilanda musibah wabah penyakit. Sang penguasa atau yang disebut dengan Amir telah berusaha seoptimal mungkin mengatasi wabah penyakit di sana, namun hasilnya nihil.
Itulah sebabnya, pada musim haji saat itu Sang Amir mengadakan suatu sayembara "Barangsiapa yang bisa melenyapkan wabah penyakit yang menimpa di Arab, maka dia akan diberi hadiah harta benda yang sangat besar"
Meski sayembara tersebut diikuti banyak ulama dari berbagai negara, bahkan para Syaikh yang terkenal mumpuni dalam ilmu batiniah, ternyata hasilnya tetap sia-sia.
Baca juga: Kisah Sunan Giri: Pesantren Jadi Kerajaan
Dikutip dari buku Brawijaya Moksa Detik-Detik Akhir Perjalanan Hidup Prabu Majapahit, Raden Ja'far Shodiq tergerak hatinya untuk mengikuti sayembara di sana. Ia lalu berdoa dengan husyuk agar Allah Swt melenyapkan wabah penyakit yang menimpa rakyat Arab. Dan ternyata Allah Swt. mengabulkan doanya.
Melihat keberhasilan Raden Ja'far Shodiq, tentu mengundang pertanyaan dari para ulama serta Sang Amir Arab; rahasia apakah yang terkandung dalam doa yang dipanjatkan Raden Ja'far Shodiq?