Namun, Gatot Soebroto mengatakan bahwa Amir dan tokoh-tokoh kiri lebih baik dihabisi dari pada berisiko menyeberang ke pihak Belanda.
Tak hanya soal eksekusi Amir Sjarifuddin, Gatot Soebroto juga mencatat kontroversi saat terlibat dalam gerakan 17 Oktober 1952. Kala itu Gatot yang menjabat Pangdam VII Makassar tak hanya dicopot jabatannya, tapi juga ditangkap oleh kepala staf-nya sendiri, Letkol Joop F. Warouw.
Gerakan 17 Oktober 1952 menuntut Presiden Soekarno membubarkan parlemen, dengan memprovokasi ribuan orang untuk berdemonstrasi. Bahkan Letkol Kemal Idris, menyiapkan moncong meriam ke arah Istana Negara.
“Mereka (parlemen) atau kita (tentara) yang bubar,” seru Gatot Soebroto kala mendukung aksi 17 Oktober 1952.
Melihat keadaan semakin tak terkendali, Kepala Staf Angkatan Perang Kolonel Tahi Bonar Simatupang sempat menegur para perwira TNI AD itu ketika berkumpul di Staf Umum Angkatan Darat.
“Stop! Ini sudah berbau kup (kudeta). Kritik boleh, tapi jangan kup,” cetus Simatupang dalam biografi ‘AE Kawilarang: Untuk Sang Merah Putih’.