John kemudian aktif dalam penumpasan Republik Maluku Selatan (RMS). Lalu, mengakhiri pengabdiannya di TNI Angkatan Laut pada Desember 1966 dengan pangkat terakhir Laksamana Muda.
Di era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY), John Lie diberi gelar Pahlawan Nasional pada 9 November 2009. Ia juga mendapatkan gelar Laksamana Muda, jabatan tertinggi dalam militer.
Sosok John Lie di mata Jenderal Besar TNI AH Nasution pada 1988, prestasinya ”tiada taranya di Angkatan Laut” karena dia adalah ”panglima armada (TNI AL) pada puncak-puncak krisis eksistensi Republik”.
Ia sangat berjasa dalam perjuangan bangsa Indonesia sehingga patut diakui sebagai pahlawan juga sama seperti orang berjasa lainnya.
Sehingga dirinya dianugerahi Bintang Mahaputera Utama oleh Presiden Soeharto pada 10 November 1995, Bintang Mahaputera Adipradana atas segala jasa dan pengabdiannya.
John Lie wafat pada 27 Agustus 1988 setelah mengidap penyakit stroke. Jenazahnya dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta.
(Arief Setyadi )