Dimulai dari sinilah dia berinteraksi dengan pemikiran-pemikiran pembaruan dalam dunia islam, seperti Muhammad Abduh, Al-Afghani, Rasyid Ridha, dan Ibnu Taimiyah.
Pandangan dari tokoh-tokoh Islam ini berpengaruh pada pemikiran Ahmad Dahlan terkait pembaruan pemahamaman Islam. Saat itu, sebagian besar dunia Islam masih bersifat ortodoks, dan karenanya pemikirannya penuh disemangati oleh aliran pembaruan untuk menampilkan corak keagamaan yang sama yaitu melalui Muhammadiyah.
Ortodoks ini dipandang menimbulkan kebekuan ajaran Islam, serta stagnasi dan dekadensi (keterbelakangan) umat Islam. Oleh karena itu, pemahaman keagamaan yang statis ini harus dirubah dan diperbarui dengan gerakan purifikasi atau pemurnian ajaran Islam dengan kembali kepada Alquran dan Hadits.
Pada saat usia 20 tahun, KH Ahmad Dahlan pulang ke kampung halamannya. Sepulang dari Makkah, KH Ahmad Dahlan diangkat menjadi Khatib Amin di lingkungan Kesultanan Yogyakarta. Pada tahun 1902-1904, KH Ahmad Dahlan menunaikan ibadah haji kedua kalinya yang dilanjutkan dengan memperdalam ilmu agama kepada beberapa guru di Mekah.