Gagasan pendirian Muhammadiyah oleh KH Ahmad Dahlan ini juga mendapatkan resistensi , baik dari keluarga maupun dari masyarakat sekitarnya. Berbagai fitnahan, tuduhan, hasutan datang bertubi-tubi kepadanya.
Namun dia berteguh hati untuk melanjutkan cita-cita dan perjuangan pembaruan Islam di tanah air bisa mengatasi semua rintangan itu.
Pada 20 Desember 1912, KH Ahmad Dahlan mengajukan permohonan kepada pemerintah Hindia Belanda untuk mendapatkan badan hukum. Permohonan itu baru dikabulkan pada 1914, dengan Surat Ketetapan Pemerintah No. 81 tanggal 22 Agustus 1914.
Namun, izin itu hanya berlaku untuk daerah Yogyakarta dan organisasi ini hanya boleh bergerak di daerah Yogyakarta. Dari Pemerintah Hindia Belanda timbul kekhawatiran akan perkembangan organisasi itu, sehingga mereka membatasi kegiatannya.
Walaupun Muhammadiyah dibatasi, tetapi daerah lain seperti Srandakan, Wonosari, Imogiri, dan lain-lain telah berdiri cabang Muhammadiyah. Hal ini jelas bertentangan dengan keinginan pemerintah Hindia Belanda.