"Masalah Timor Timur sudah harus diselesaikan sebelum Presiden ke-4 RI dipilih, sehingga yang bersangkutan dapat mencurahkan perhatian kepada penyelesaian masalah nasional dan reformasi yang sedang kita hadapi."
2. Alasan kedua
Alasan kedua berkaitan dengan hubungan diplomatik antara Indonesia dan Australia. Habibie sendiri menganggap jika negeri Kanguru tersebut telah menjadi sahabat Indonesia sejak Proklamasi Kemerdekaan Indonesia 1945.
Sebelumnya John Howard selaku Perdana Menteri Australia di masa itu mengirimkan surat pada Habibie. Surat tersebut berisi usulan agaar BJ Habibie melakukan peninjauan ulang terhadap pelaksanaan referendum bagi masyarakat Timor Timur.
"Saya yakin bila saya biarkan tentara Australia masuk ke Indonesia, saya tidak hanya akan menghina dan mempermalukan TNI, tapi juga bila Australia masuk, apa pun keputusannya nanti, yang kalah akan menyalahkan Australia," jelasnya.