Ayahnya wafat pada tahun 1966 saat Rizieq berusia 11 bulan, sehingga sejak saat itu ia hanya diasuh oleh ibunya, Syarifah Sidah, dan tidak dididik di pesantren. Baru setelah berusia empat tahun ia mulai rajin mengaji di masjid-masjid dekat rumahnya. Sebagai orang tua tunggal, ibunya yang bekerja sebagai penjahit pakaian dan perias pengantin juga sangat memperhatikan pendidikan Rizieq serta membimbingnya dengan pendidikan agama.
Rizieq adalah seorang keturunan Arab dengan klan Shihab (merujuk pada Shihabuddin Aal bin Syech) yang silsilahnya dapat ditelusuri sampai kepada Sayyidina Ali bin Abi Thalib melalui Imam Ahmad al-Muhajir. Sementara itu, istrinya yang bernama Fadhlun juga merupakan keluarga Arab dari klan Aal bin Yahya.
Setelah lulus sekolah dasar pada tahun 1975 di SDN 1 Petamburan, Tanah Abang, Jakarta Pusat, pada tahun 1976 Rizieq melanjutkan sekolah menengahnya ke SMP 40 Pejompongan, Jakarta Pusat. Namun karena jarak sekolah dengan rumahnya di Petamburan terlalu jauh, ia kemudian dipindahkan ke sekolah yang relatif lebih dekat dengan tempat tinggalnya, yaitu SMP Kristen Bethel Petamburan dan lulus tahun 1979. Ia kemudian melanjutkan sekolahnya di SMA Negeri 4 Jakarta di Gambir, namun lulus dari SMA Islamic Village Tangerang pada tahun 1982.
Pada tahun 1983, Rizieq mengambil kelas bahasa Arab di Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab (LIPIA). Namun setelah satu tahun menempuh studi, ia mendapat tawaran beasiswa dari Organisasi Kerjasama Islam (OKI) untuk kuliah di Arab Saudi. Ia pun melanjutkan program sarjana jurusan Studi Agama Islam (Fiqih dan Ushul Fiqh) ke Universitas Raja Saud yang ditempuhnya selama empat tahun. Pada tahun 1990, Rizieq Shihab dinyatakan lulus.