Lokasi pusat pemerintahan Salakanagara masih menjadi perdebatan. Setidaknya ada tiga daerah yang disebut sebagai calon pusat kerajaan: Pandeglang (Banten), Condet (Jakarta), dan lereng Gunung Salak di Bogor, Jawa Barat. Pandeglang, terutama kawasan Teluk Lada, diyakini oleh sebagian peneliti sebagai ibu kota pemerintahan Salakanagara.
Menurut Naskah Wangsakerta, ibu kota Salakanagara bernama Rajatapura. Namun, keaslian dan kredibilitas naskah ini masih menjadi kontroversi. Naskah Wangsakerta disusun oleh tim riset dari Kesultanan Cirebon, konon selama 21 tahun, dan rampung pada tahun 1698 Masehi. Meskipun isinya tergolong sangat rinci, banyak sejarawan yang meragukan validitasnya karena tidak didukung oleh bukti sejarah yang kuat.
(Awaludin)