Wakil Ketua CC PKI, Nyoto disebut-sebut ditembak mati di Tanjung Priok, namun ada juga yang menyampaikan bahwa nyawa Njoto melayang di Bekasi pada 13 Desember 1965 setelah dirinya ditahan di Rutan Budi Utomo.
Dalam buku bertajuk Njoto Peniup Saksofon di Tengah Praharya, diketahui bahwa Njoto langsung memboyong istrinya, Sutarni, yang tengah hamil dan 6 anaknya untuk pergi dari rumahnya di Jalan Malang, Menteng, Jakarta Pusat, usai peristiwa Gerakan 30 September.
Njoto dan keluarganya mendatangi rumah para kerabat untuk mencari tempat mengungsi. Setelah menitipkan istri dan anaknya, Njoto pergi lagi. Sutarni dan anak-anaknya tidak pernah lama menetap di satu rumah. Mereka sering berpindah-pindah, dari rumah kerabat yang satu ke rumah kerabat lainnya. Di akhir tahun 1965, Njoto sempat 2 kali menjenguk keluarganya, setelah itu kembali pergi menuju pelariannya.