Atas prestasinya tersebut, pada 2003, para anggota PAH I BP MPR dari PDIP sepakat mengajukan Harjono sebagai hakim konstitusi melalui jalur DPR.
Namun ketika akan menjalani uji kepatutan dan kelayakan, Harjono mendapat telepon dari Departemen Hukum dan Hak Asasi Manusia yang mengatakan bahwa pemerintahan saat itu akan mencalonkan dirinya sebagai hakim konstitusi.
"Gayung pun bersambut", dan akhirnya ia terpilih menjadi hakim konstitusi dari jalur pemerintah pada periode 2003–2008.
Baca juga: Firli Cs Bakal Langsung Temui Dewan Pengawas KPK Usai Dilantik
(Hantoro)