Namun di sisi lain keadaan di dalam negeri tengah bergolak akibat Gerakan 30 September 1965/Partai Komunis Indonesia (G30S/PKI). Sementara nasib KRI Irian kian merana dan terdapat beberapa versi tentang ajal kapal nan sangar ini.
Sejumlah sumber menyebut, KRI Irian diperintahkan Kepala Staf Angkatan Laut (KSAL) kala itu, Laksamana Sudomo untuk dibawa ke Taiwan dan dihancurkan. Namun ada pula yang mengatakan kapal ini dipreteli di Jepang setelah dijual.
Versi lainnya yang tak kalah jadi perbincangan adalah kapal ini diambil alih Soviet setelah dicegat. Soviet disebutkan tak ingin beberapa rahasia di kapal perang itu jatuh ke pihak-pihak barat.
(Fahmi Firdaus )