Pembongkaran Kawasan Prostitusi Kalijodo
Pada 29 Februari 2016 kawasan Kalijodo dibongkar lantaran melanggar jalur hijau. Penertiban ini sebenarnya berjalan lancar dan warga bersedia direlokasi ke rusunawa atau dipulangkan.
Namun, perlawanan secara hukum terjadi oleh penguasa kawasan bernama Daeng Azis dan beberapa anggota masyarakat yang diwakili oleh pengacara Razman Arif Nasution. Daeng Azis pun menjadi tersangka untuk beberapa kasus.
Pencopotan Kepala SMAN 3 Jakarta Retno Listyarti
Pada 16 Mei 2015, Kepala SMA Negeri 3 Jakarta Retno Listyarti dicopot dari jabatannya. Alasan pencopotannya karena meninggalkan SMA yang menjadi tanggungjawabnya untuk mengawasi saat pelaksanaan UN dan memilih sesi wawancara di televisi bersama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan saat itu Anies Baswedan.
Retno kemudian mengajukan gugatan ke PTUN dan dimenangkan, namun Ahok ngotot tidak bisa mengembalikan jabatannya sebagai kepala sekolah.
Pelarangan Sepeda Motor di Jalan MH Thamrin
Pada November 2014, Ahok mengeluarkan aturan larangan sepeda motor memasuki Jalan Thamrin hingga Medan Merdeka Barat. Sebagai gantinya, warga bisa menikmati layanan bus tingkat gratis dan disediakan lahan parkir.
Namun, kebijakan ini dikecam. Indonesia Traffic Watch memutuskan menggugat Pergub Nomor 195 Tahun 2014 tentang Pembatasan Lalu Lintas Sepeda Motor karena dianggap bertentangan dengan Pasal 133 ayat 2 UU Nomor 22 Tahun 2009 tentang Lalu Lintas dan Angkutan Jalan.
Kebijakan ini juga dianggap mengenyampingkan kepentingan pengguna sepeda motor, terutama mereka yang menyandang disabilitas.
Konflik TPST Bantargebang Bekasi
Konflik antara Pemprov DKI Jakarta dan Pemkot Bekasi bermula dengan rencana memutuskan kontrak kerja dengan PT Godang Tua Jaya selaku pengelola TPST Bantargebang.
Pemutusan kontrak ini diikuti kecurigaan kongkalikong antara PT Godang Tua Jaya dan DPRD Bekasi. Sebab, DPRD Bekasi mengajukan protes karena DKI dianggap menyalahi ketentuan jenis truk, rute, dan waktu pengiriman sampah dari Jakarta melewati jalanan Bekasi tidak sesuai perjanjian sehingga akhirnya 6 truk pengangkut sampah milik DKI ditangkap Dinas Perhubungan Bekasi.
Kisruh APBD 2015
Pada 2015, pemerintahan Ahok terlibat sengketa dengan DPRD DKI berkaitan dengan penetapan APBD tahun itu. Akibat sengketa ini, hingga Februari 2015 APBD DKI Jakarta belum ditetapkan. APBD DKI 2015 gagal disahkan meskipun mediasi telah dilakukan oleh Kementerian Dalam Negeri sehingga DKI harus berbalik menggunakan pagu APBD 2014.