“Sewaktu masih kolonel dan menjadi Komandan Grup A Paswalpres (kini Paspampres), Subagyo mendukung Asisten Operasi Kopassus saat itu, Luhut Binsar Pandjaitan, untuk menjadi Danjen Kopassus,” ujar Carmelita.
Pasalnya jika Luhut Pandjaitan menjadi Danjen Kopassus, dia berharap bisa menjadi salah satu Panglima Divisi Kostrad. Namun, yang terjadi tidak demikian. Luhut Pandjaitan adalah rekan seangkatan Subagyo di Akabri 70 sekaligus peraih Adhi Makayasa.
Subagyo menggantikan seniornya, Brigjen TNI Agum Gumelar. Menurut Bagyo, menduduki jabatan tertinggi di Kopassus tentu kebanggaan. Subagyo lahir dan besar di pasukan elite tersebut, meskipun pada tujuh tahun terakhir sebelum jadi danjen, dia berkarier di struktur lain mulai Paswalpres, Bais ABRI, dan Dispamad.
Subagyo menjabat Danjen Kopassus hanya setahun, periode 1994-1995. Kariernya pun terus naik. Subagyo menjabat Pangdam IV/Diponegoro pada periode 1995-1997. Kemudian, tentara dari Piyungan ini ditunjuk sebagai wakil KSAD pada pertengahan Juni 1997.