Setelah itu tempatnya diisi oleh permaisuri yang kedua. Sementara asal-usul permaisuri pertama tidak disebut, asal-usul yang kedua diketahui. Ia seorang putri keturunan Kerajaan Batang. Versi lain ada yang menyebut ia berasal Kerajaan Cirebon. Selanjutnya setelah permaisuri yang pertama keluar meninggalkan keraton gelarnya sebagai Raden Ayu Wetan digantikan oleh Kanjeng Ratu Kulon.
Putra permaisuri kedua Sultan Agung yang tertua lahir sekitar tahun 1619. Anak ini mula-mula diberi nama Raden Mas Sayidin, jadi nama Arab. Lalu diberi nama Jibus, kemudian Rangkah yang berarti semak berduri, tutup batas. Sosok inilah yang konon akhirnya menjadi Sultan Amangkurat I setelah ia naik tahta sebagai raja.
Putra kedua Ratu Kulon atau permaisuri pertama Sultan Agung disebut dalam cerita-cerita tutur tradisional dan Sadjarah Dalem sebagai Raden Mas Alit atau Pangeran Alit, tetapi ada versi lain yakni versi Van Goens yakni Raden Ageng. Tetapi ada yang meyakini bahwa nama sebenarnya adalah Raden Mas Sahwawrat.
Gejolak di istana Mataram masih tinggi pasca pengusiran permaisuri pertama Sultan Agung. Konon anak dari permaisuri kedua yang bernama Sultan Amangkurat I ini memiliki tabiat yang buruk. Ia bahkan sempat dikabarkan menculik istri tercantik Tumenggung Wiraguna, panglima perang Kerajaan Mataram.
Alhasil para pendukung Pangeran Alit dan adik-adiknya meminta Sultan Agung agar menjatuhkan sanksi kepada Raden Mas Sayyidin atau Sultan Amangkurat I. Bahkan beberapa petinggi Mataram seperti Tumenggung Danupaya meminta hak-hak putra mahkota Sultan Amangkurat I dicabut dan diberikan ke Pangeran Alit.