Namun, saat hendak menutup pintu anggota rombongan Cakrabirawa menembaki Ahmad Yani. Ada sekitar 2 peluru dari total 7 peluru yang mengenai tubuh Ahmad Yani. Peristiwa penembakan tersebut membuat penghuni rumah terbangun.
Ahmad Yani meninggal pada usia 43 Tahun dengan pangkat terakhirnya sebagai Letnan Jenderal. Ahmad Yani tewas di kediamannya sendiri pada Kamis, 30 September 1965. Jasadnya dimasukkan ke sebuah sumur tua di daerah Lubang Buaya, Jakarta Timur.
Di tempat itulah, pada 3 Oktober 1965 jasadnya ditemukan bersama 7 jenderal lainnya yang ditembak mati. Dua hari kemudian jenazah Ahmad Yani dan 7 jenderal lainnya dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata.
(Fahmi Firdaus )