KEPUTUSAN Sunan Kudus menunjuk Arya Pangiri sebagai penguasa Pajang sepeninggal Sultan Hadiwijaya, berbuah polemik. Pasalnya sang anak Pangeran Benawa tak merestui dan merasa tak puas. Bahkan banyak masyarakat di Pajang, juga beranggapan keputusan itu kurang tepat.
Kerajaan Pajang pun kondisinya kian kacau pasca pemerintahan dijabat oleh Arya Pangiri. Konon banyak orang-orang Demak yang datang ke Pajang, setelah adipatinya naik tahta jadi raja Pajang.
Para pendatang dari Demak ini konon membuat masalah di Pajang. Tanah-tanah Pajang yang awalnya sepenuhnya milik warga Pajang, harus dibagi dengan pendatang dari Demak. Raja kemudian membuat kebijakan agar tanah-tanah yang ada sebagian diberikan kepada para pendatang, dikutip dari "Tuah Bumi Mataram : Dari Panembahan Senopati hingga Amangkurat II" tulisan Peri Mardiyono.
Arya Pangiri beranggapan bahwa pendatang Demak juga butuh tempat tinggal dan lahan pertanian. Kebijakan ini membuat rakyat Pajang tidak terima. Gesekan antara warga imigran dengan warga lokal pun semakin keras. Warga Pajang yang dikurangi tanahnya melakukan penentangan terhadap raja.
Konflik semakin memanas ketika sejumlah jabatan di istana Pajang diperuntukkan buat orang-orang Demak. Sebagian rakyat Pajang yang kecewa dengan kebijakan raja yang baru itu kemudian melakukan pemberontakan. Sebagian ada yang berubah menjadi perampok, penyamun, pencuri, dan sejenisnya, untuk membuat Pajang tidak stabil.
Sebagian rakyat Pajang lain, ada yang memilih untuk hijrah ke Mataram. Mereka merasakan bahwa di Pajang, kehidupannya sudah tidak aman dan nyaman. Mataram yang saat itu tengah tumbuh sebagai kota baru tampak lebih menarik karena selain daerahnya subur, keamanan di daerah ini juga terjamin.