Persiapan secara rahasia pun dilakukan jelang memindahkan pemerintahan. Keluarga Soekarno dan Mohammad Hatta sendiri “diungsikan” dari Jakarta dengan Kereta Luar Biasa (KLB) dengan sebuah “operasi senyap” yang menegangkan – kisah yang akan diuraikan penulis lebih jauh dalam artikel NEWS STORY berikutnya.
Berangkatnya Presiden Soekarno beserta Hatta dan keluarga dilakukan pada 3 Januari 1946 tengah malam, hingga akhirnya tiba di Stasiun Tugu, Yogya pada 4 Januari yang turut disambut Sri Sultan HB IX, Sri Paku Alam VIII, serta Panglima Tentara Keamanan Rakyat (TKR, kini TNI) Jenderal Soedirman.
Adapun sisa-sisa pengelolaan pemerintahan dan keamanan, diembankan kepada Overstee (Letkol) Daan Jahja yang kala itu menjabat Panglima Divisi Siliwangi, di mana dia juga merangkap jabatan Gubernur Militer Jakarta.
Di Yogya, semuanya ditanggung. Ibaratnya, Soekarno dkk hanya tinggal bawa pakaian, karena semuanya sudah disediakan Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat serta Puro Pakualaman.
Kantor pemerintahan di Yogya di mana Presiden Soekarno berkantor, ditempatkan di Gedung Agung. Semua perabotan di istana yang sempat kosong itu diisi pihak keraton dan pakualaman, plus sumbangan sekira 6 juta gulden untuk menjalankan pemerintahan di Yogya.