Setelah mengenyam pendidikan di bangku Taman Kanak-Kanak (TK) Masjid Syuhada dan SD Laboratori di Yogyakarta, kepemimpinan Anies mulai tumbuh di masa SMP. Bergabung dengan OSIS di SMPN 5 Yogyakarta, Anies sering dijuluki “Seksi Kematian”!
Alasannya karena Anies sering bertugas mengabarkan berita kematian sebagai pengurus bidang humas OSIS SMPN 5 Yogyakarta. Aktifnya Anies di OSIS juga diteruskannya setelah masuk SMAN 2 Yogakarta.
Bahkan prestasinya terus meningkat, hingga bisa menjadi Ketua OSIS se-Indonesia pada 1985 dan ikut pertukaran pelajar AFS ke Milwaukee, Wisconsin, Amerika Serikat. Namun dampaknya, Anies terlambat lulus yang harusnya lulus tiga tahun, jadi lulusnya empat tahun.