Karir Djoko di militer dimulai dengan menjabat sebagai Komandan Peleton 1 Kompi Senapan A Yonif 121/Macan Kumbang. Setelah jadi perwira tinggi dia menjabat Waassospol Kaster TNI (1998), Kasdam IV/Diponegoro (2000) dan Pangdivif 2/Kostrad (2001).
Dia kemudian menjabat Panglima Kodam XVI/Pattimura dan Panglima Komando Operasi Pemulihan Keamanan (Pangkoopslihkam) 2002-2003. Saat ini namanya bersinar karena berhasil meredam konflik di Maluku.
Setelahnya dia menjabat Panglima Kodam Jaya Maret 2003 – Oktober 2003.
Prestasinya kian melejit hingga menjadi Wakil Kepala Staf TNI-AD (Wakasad) tahun 2003, Kepala Staf TNI-AD (Kasad) pada tahun 2005 dan akhirnya Panglima TNI pada tahun 2007-2010.
Djoko Santoso bergabung ke Partai Gerindra pada 2015 dan masuk dalam struktur dewan pembina partai. Dia juga menjabat sebagai Ketua Badan Pemenangan Nasional Prabowo Subianto-Sandiaga Uno di Pilpres 2019.
(Qur'anul Hidayat)