Ada satu hal yang hingga kini masih menjadi misteri dari Stasiun Tanjung Priok. Banyak pihak menyebut, stasiun ini memiliki bungker rahasia yang menghubungkan stasiun dengan beberapa tempat lain. Terlebih, tempat-tempat tersebut berlokasi sangat jauh, seperti Balai Kota Batavia (kini menjadi Museum Fatahillah) hingga Pulau Onrust.
Stasiun ini sejatinya merupakan kado ulang tahun istimewa untuk SS. Peresmiannya pun dilakukan saat hari jadi SS ke-50 tahun, yakni pada 6 April 1925. Dengan dibukanya stasiun ini, maka jalur Tanjung Priok – Beos atau Jakarta Kota juga dibuka. Kereta yang melintasi jalur ini adalah lokomotif seri ESS 3200 yang dibuat di Belanda.
Setelah Indonesia merdeka, stasiun ini diambil alih oleh pemerintah Indonesia dan sempat berhenti beroperasi. Stasiun Tanjung Priok resmi beroperasi kembali pada Maret 2009 dan diresmikan oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono atau SBY.
SBY saat itu sangat terpana dengan kemegahan yang dimiliki oleh Stasiun Tanjung Priok. Pemerintah menjadikan stasiun ini sebagai bangunan cagar budaya pada 1993.
(Fahmi Firdaus )