Konflik Raja Mataram dengan saudara dan beberapa tokoh ulama berujung panjang. Sultan Amangkurat I yang berkuasa di Mataram Islam konon pernah membalas dendam kepada pihak-pihak yang mendukung Pangeran Alit, saudara tirinya yang awalnya hendak dilantik jadi raja.
Hal itu yang disebut Sultan Amangkurat I pergolakan internal Mataram buat adiknya meninggal dunia. Pergolakan itu menang memberikan bekas luka di Sultan Amangkurat I, maka ketika ada kesempatan naik tahta ia langsung menghukum beberapa pihak yang terlibat.
Sultan Mataram itu acap kali mengelak tanggung jawab perbuatannya, atas tindakan - tindakan kekerasan yang dilakukan. Tapi sekali lagi ketika Sultan Mataram menunjukkan wajah marah dan terkejut, di hadapan para pejabat istana.
Konon Sultan Amangkurat I sejam lamanya tidak sepatah kata pun diucapkannya, dan ini membuat orang lebih merasa tercekam. Tidak seorang pun yang berani "mengangkat kepalanya, apalagi memandang wajah Sunan".
H.J. De Graaf pada bukunya "Disintegrasi Mataram : di Bawah Mangkurat I" Sultan Amangkurat I berkata kepada pamannya, Pangeran Purbaya, "para pemuka agama, yang seharusnya menjadi teladan bagi mereka semua dalam perbuatan-perbuatan kebajikan, mereka itulah penyebab kematian adiknya".