Kontribusi tersebut dapat ditelusuri melalui perkembangan lembaga pendidikan Islam, tradisi keilmuan, jaringan ulama, manuskrip keagamaan, kesusastraan, gerakan sosial, hingga keterlibatan masyarakat Muslim dalam dinamika kebangsaan.
Perkembangan organisasi Islam modern, seperti Nahdlatul Ulama (NU) dan Muhammadiyah, juga memperlihatkan peran Islam dalam bidang pendidikan, pelayanan masyarakat, pemikiran keagamaan, dan kehidupan publik.
Dalam kajian historiografi, organisasi Islam tidak hanya perlu ditempatkan sebagai objek penelitian. Organisasi tersebut juga merupakan subjek aktif yang menghasilkan pengetahuan, menyimpan memori kolektif, serta mewariskan pengalaman sejarah melalui dokumen, arsip, manuskrip, catatan organisasi, dan kesaksian lisan.
Said Aqil menegaskan, pengembangan historiografi Islam Nusantara bukan bertujuan membangun sejarah yang bersifat apologetik atau mengunggulkan kelompok tertentu. Sebaliknya, upaya tersebut ditujukan untuk memperluas sumber dan perspektif dalam penulisan sejarah Indonesia, sekaligus menempatkan masyarakat Muslim Nusantara sebagai pelaku sejarah yang aktif dan memiliki kontribusi terhadap perkembangan peradaban.
"Pengembangan historiografi Islam Nusantara merupakan upaya memperluas sumber, perspektif, dan pelaku dalam penulisan sejarah Indonesia. Tujuannya bukan membangun sejarah yang bersifat apologetik atau mengunggulkan kelompok tertentu, melainkan menghadirkan kajian ilmiah yang menempatkan masyarakat Muslim Nusantara sebagai pelaku sejarah yang aktif, kreatif, dan memiliki kontribusi nyata terhadap perkembangan peradaban," pungkasnya.