Masjid yang memiliki luas 1.500 meter persegi itu dibuat sedemikian unik dengan ornamen perahu sepanjang sekitar 12 meter. Bangunan berbentuk perahu itu berfungsi sebagai tempat wudhu. Di bagian kiri diperuntukkan bagi tempat wudhu laki-laki dan sebelah kanan untuk perempuan. Sedangkan bagian depan kapal, terdapat satu ruang kecil untuk berzikir.
Mulyono menyebut, pembangunan masjid ini terinsiprasi oleh kisah Nabi Nuh Alaihissalam yang diceritakan dalam Alquran. Nabi Nuh pada zamannya membangun bahtera/perahu atas perintah Allah SWT untuk menyelamatkan dirinya dan keluarga, serta kaumnya yang beriman terjangan dari air bah. Tak hanya manusia, kawanan hewan juga turut diangkut dalam kapal berukuran besar yang dibuat sekitar tahun 2465 SM.
"(Masjid) Perahu dibangun terinspirasi dari peristiwa Nabi Nuh," kata dia.
Adapun bagian unik dari masjid ini yakni adanya lima tiang di sebelah kiri dan kanan yang dibangun tanpa besi dan hanya menggunakan batu bata. Lima tiang tersebut lanjut Mulyono, melambangkan lima rukun Islam.