Selama awal karirnya, Boy sudah melalang buana ke beberapa unit di Polda, Polres, dan Polsek. Pada tahun 2007, Boy sudah bergelut di bidang terorisme, ketika itu dia pernah menjabat sebagai Kanit Negosiasi Subden Penindak Densus 88 Antiteror.
Setahun berlalu, Ia dipercaya menjadi Direskrimum Polda Maluku Utara pada tahun 2008. Setelah itu, di tahun yang sama, Boy juga dipromosi menjadi Kapolrestabes Padang.
Memasuki tahun 2009, karir Boy Rafli mengalami pergeseran, dari bidang serse menjadi kehumasan. Mengingat, segala jenis jabatan di kehumasan Polri pernah diemban oleh Boy Rafli.
Tak dipungkiri juga, nama dan sosok Boy dapat dikenal publik lantaran dia dikenal sebagai congor Polri yang sering muncul apabila ada kasus atau kejadian besar.
Pada 2009, Boy menjabat sebagai Kabid Humas Polda Metro Jaya. Lalu 2010, Ia menjadi Kabag Penum Divisi Humas Polri. Dua tahun berlalu, Boy akhirnya pecah bintang pertama setelah diangkat sebagai Karo Penmas Divisi Humas Polri.