Gus Dur merupakan seorang ulama dengan pemikiran pluralis dan tidak menyukai diskriminasi. Karena itulah, saat etnis Tionghoa di Indonesia terdiskriminasi, beliau tak tinggal diam dan menjadi orang pertama yang mencoba menyelesaikan permasalahan tersebut.
Menurutnya, masyarakat Tionghoa adalah orang Indonesia. Sehingga tidak boleh dikucilkan atau didiskriminasi.
Permasalahan terhadap etnis Tionghoa diselesaikan dengan keluarnya Keputusan Presiden (Keppres) Nomor 6 Tahun 2000 dimana Gus Dur memberikan tiga poin utama, yakni:
Mencabut Inpres Nomor 14 Tahun 1967 tentang Agama, Kepercayaan, dan Adat Istiadat Cina.
Ketentuan pelaksanaan dalam Inpres Nomor 14 Tahun 1967 dinyatakan sudah tidak berlaku lagi.
Masyarakat Cina bisa dengan bebas menyelenggarakan kegiatan keagamaan, kepercayaam dan adat istiadatnya tanpa izin khusus.