Seperti diketahui, pengajaran di Ponpes Al-Zaytun disebut bertentangan dengan ajaran Islam, termasuk dalam pengajaran akhlaq. Di antara kontroversi yang ditunjukkan oleh Panji Gumilang adalah salam dengan bahasa Yahudi.
Al-Zaytun pernah tersandung kasus menjadi pusat gerakan Negara Islam Indonesia (NII) pada 2011. Pondok dengan bangunan megah ini disebut tertutup dengan warga sekitar.
(Qur'anul Hidayat)