Anak malang itu meninggal lima hari kemudian di rumah sakit. Sementara putri sulung Nasution, Hendrianti Saharah (13) dan perawatnya Alfiah sudah lari ke rumah pondok ajudan Nasution dan bersembunyi di bawah tempat tidur.
Tendean mengambil senjatanya dan lari dari rumah, tapi ia tertangkap dalam beberapa langkah. Dalam kegelapan, ia membuat kesalahan dan sudah berada di bawah todongan senjata.
Sedangkan Nyonya Nasution lari ke dalam dan membawa putrinya yang terluka setelah mendorong suaminya keluar rumah. Kemudian, saat ia menelepon dokter, pasukan Cakrabirawa menuntutnya agar memberitahu mereka di mana keberadaan suaminya.
Kabarnya dia melakukan percakapan singkat sambil marah-marah dengan Arief dan mengatakan kepadanya bahwa Nasution sedang keluar kota selama beberapa hari. Pasukan itu pun pergi dari rumah Nasution dan membawa Tendean pergi dengan mereka.
Nasution terus bersembunyi di halaman tetangganya sampai pukul 06.00 WIB ketika ia kembali ke rumahnya dalam keadaan patah pergelangan kaki. Nasution kemudian meminta ajudan untuk membawanya ke Departemen Pertahanan dan Keamanan karena dia pikir itu akan lebih aman di sana.
Nasution kemudian mengirim pesan kepada Soeharto di markas Kostrad, mengatakan kepadanya bahwa ia masih hidup dan aman. Setelah mengetahui Soeharto mengambil alih komando tentara, Nasution kemudian memerintahkan dia untuk mengambil langkah-langkah seperti mencari tahu keberadaan presiden, menghubungi Panglima Angkatan Laut RE Martadinata, Komandan Korps Marinir R Hartono serta Kepala Kepolisian Soetjipto Joedodihardjo, dan mengamankan Jakarta dengan menutup semua jalan yang mengarah ke sana.
Angkatan Udara tidak termasuk karena Panglima Omar Dhani dicurigai sebagai simpatisan G30S. Soeharto segera mengintegrasikan perintah tersebut ke dalam rencananya untuk mengamankan kota.
Pada pukul 14.00 WIB, setelah Gerakan 30 September mengumumkan pembentukan Dewan Revolusi, Nasution mengirim perintah lain untuk Soeharto, Martadinata dan Joedodihardjo. Dalam rangka itu, Nasution mengatakan, ia yakin Soekarno telah diculik dan dibawa ke markas G30S di Halim.