Syekh Yusuf meninggal pada 23 Mei 1699 atau lima tahun setelah penahanan di Zandfliet. Jenazah almarhum dimakamkan di Zandfliet, saat ini bernama Desa Macassar, Cape Town, Afsel.
Namun, Belanda kemudian menyetujui permintaan Sultan Gowa Abdul Jalil sehingga jasadnya di pindahkan ke Gowa. Penjemputan tiba pada 5 April 1705 dan sehari berikutnya pemakamannya dilakukan di Lakiung, Sulawesi Selatan.
(Fahmi Firdaus )