Di awal pemberontakan, pembunuhan terhadap pejabat pemerintah dan para pemimpin partai yang antikomunis terjadi. Kaum santri juga menjadi korban. Tetapi pasukan pemerintah yang dipelopori Divisi Siliwangi kemudian berhasil mendesak mundur pemberontak.
Puncaknya adalah ketika Musso tewas tertembak. Amir Syarifuddin juga tertangkap. Ia akhirnya dijatuhi hukuman mati. Tokoh-tokoh muda PKI seperti Aidit dan Lukman berhasil melarikan diri.
Merekalah yang kelak di tahun 1965, berhasil menjadikan PKI kembali menjadi partai besar di Indonesia sebelum terjadinya peristiwa Gerakan 30 September 1965. Ribuan orang tewas dan ditangkap pemerintah akibat pemberontakan Madiun ini.
(Awaludin)