Selanjutnya, Johanis diangkat menjadi staf Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Menko Polhukam) Wiranto periode 2016-2018. Masih di era Wiranto sebagai Menko Polhukam, Johanis dipercaya sebagai Kepala Bidang Doktrin Pertahanan pada Asisten Deputi Koordinator Bidang Doktrin dan Strategi Pertahanan periode 2018-2019.
Johanis juga perncah dipercaya sebagai Kepala Bidang Pengelolaan Pemilu Kementerian Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Kemenko Polhukam) periode 2019-2020. Kemudian, dia dirotasi menjadi Pa Sahli Tk. II Kepala Staf Angkatan Darat (KSAD) Bidang Politik Dalam Negeri (Poldagri) pada periode 2020-2022.
Dirotasi kembali menjadi Dirlem Seskoad menggantikan Brigjen TNI Eddy S. Siahaan. Acara serah terima jabatan (sertijab) saat itu digelar di Gedung Prof Dr. Satrio Seskoad, Bandung, Jawa Barat, Selasa 8 Februari 2022 dipimpin oleh Komandan Seskoad Mayjen TNI Anton Nugroho.
(Arief Setyadi )