Pada tahun 1999 hingga 2003 Agus menjadi wakil ketua MPR RI dan ia juga dipercayai menjadi Gubernur Lemhanas. Saat ini ia menjabat sebagai Gubernur Lemhanas RI.
Kariernya terus melejit sehingga Letnan Agus Widjojo dilantik oleh presiden Jokowi sebagai duta besar RI untuk Filipina pada tanggal 12 Januari 2022.
Pelantikan Agus sesuai dengan Keputusan Presiden No.43/TPA/2016 tentang pemberhentian dan pengangkatan dari dan dalam jabatan Gubernur Lemhanas yang berlaku pada tanggal di tetapkan yaitu 7 April 2016.
(Fahmi Firdaus )