USS Mayflower seringkali dihubungkan dengan Theodore Roosevelt, yang sering menggunakannya dan USS Sylph untuk berlibur bersama keluarganya di sepanjang Long Island. Penggunaan kapal kepresidenan yang lebih resmi diperkenalkan pada Agustus 1905, ketika Roosevelt menjamu utusan Jepang dan Rusia di atas kapal Mayflower sebagai bagian dari upayanya untuk menengahi perundingan damai dalam Perang Rusia-Jepang. Roosevelt diganjar dengan Hadiah Nobel Perdamaian untuk perannya dalam mengakhiri konflik.
Selama dua dekade, USS Mayflower berperan sebagai kapal kepresidenan sampai akhirnya ditarik dari penugasan oleh Presiden Herbert Hoover pada 1929 karena dinilai terlalu mewah untuk kondisi ekonomi AS saat itu. Menggantikan USS Mayflower, Hoover yang merupakan seorang nelayan, menggunakan USS Sequoia untuk perjalanan sehari-harinya dan merasa memiliki keterikatan dengan kapal itu.
USS Seqouia sempat digunakan oleh Presiden Franklin D. Roosevelt pada awal masa baktinya. Namun, dia kemudian beralih menggunakan USS Potomac yang dilengkapi dengan elevator khusus yang memudahkan Roosevelt yang duduk di kursi roda berpindah antardek dengan lebih mudah. Penerus Roosevelt, Presiden Harry S. Truman menggunakan Sequoia dan USS Williamburg untuk sarana rekreasi dengan menggelar pertandingan poker terapung di kedua kapal itu.
Perjalanan laut kurang diminati oleh Presiden Dwight D. Eisenhower, tetapi kembali populer di masa pemerintahan John F. Kennedy yang kembali menggunakan jasa Sequoia dan kapal pesiar bernama Honey Fitz selama masa baktinya. Hal yang sama juga dilakukan oleh Lyndon B. Johnson yang menambahkan bar dan proyektor film di kapal tersebut.
Sebagai kapal kepresidenan yang paling lama digunakan, Sequoia menjadi tuan rumah untuk beberapa pertemuan penting, seperti pembicaraan mengenai senjata nuklir yang dilakukan Harry Truman dengan Perdana Menteri Inggris dan Kanada serta pertemuan terkait strategi perang Vietnam yang digelar Presiden Lyndon Johnson.