Masjid Al Muttaqin sendiri akibat abrasi pantai, dipindahkan ke lokasinya yang sekarang sekitar tahun 1790. Sayangnya peninggalan-peninggalan benda sejarah dari Masjid ini sudah tidak ada lagi, karena Masjid pernah hancur terkena bom pada masa perang dunia ke II.
"Karena di sini dahulu merupakan pusat komunikasi, pada zaman Jepang itu kampung ini disebut Pondol Weh atau Pondol kabel sehingga dihancurkan sekutu, hancur sampai dengan Masjid," tambah Al Buchari
Masjid Al Muttaqin pernah beberapa kali direnovasi hingga seperti sekarang. Tahun 1964 Masjid dikembangkan agar bisa menampung jamaah yang kian bertambah. Tahun 1973 Masjid kembali direnovasi dan dibangun menjadi dua lantai.
Selain sebagai tempat bersejarah masuknya agama Islam pertama kali di Kota Manado, Masjid ini juga tidak lepas dari sejarah Kesultanan Yogyakarta. Di kawasan Masjid Al Muttaqin dahulu disebut Pondol Raden Mas yang diyakini merupakan tempat tinggal dari Pangeran Arya Suryeng Ngalaga, Putra Sultan Hamengku Buwono V dari istrinya Kanjeng Ratu Sekar Kedaton.
Kanjeng Ratu Sekar Kedaton dituduh membangkang dan akan melakukan perlawanan terhadap raja dan istana sehingga bersama anaknya di buang ke Manado sekitar tahun 1855.
Di Manado, Kanjeng Ratu Sekar Kedaton dan Putranya bersama para pengikutnya menetap di Kampung Pondol. Pada waktu itu Pondol terbagi dua, Pondol Keraton dan Pondol Raden Mas.
(Awaludin)