Dengan demikian, kata dia, setelah kegiatan SO 5 dilakukan, akan terjadi penyesuaian jalur di Stasiun Manggarai yang digunakan untuk melayani penumpang kereta api. Pasca-SO 5 nanti, Jalur 1 dan Jalur 2 Stasiun Manggarai hanya akan melayani Kereta Api Jarak Jauh, dan Jalur 3 akan dinonaktifkan. Sementara, untuk KRL Commuterline lintas Bekasi/Cikarang Line akan dilayani di Jalur 6 dan Jalur 7 Stasiun Manggarai. Lintas Bogor Line akan dilayani di Jalur 10, Jalur 11, Jalur 12, dan Jalur 13.
Selain mengubah jalur pelayanan kereta api, pelaksanaan SO 5 juga diikuti dengan penyesuaian Grafik Perjalanan Kereta Api (GAPEKA) KRL Commuterline. Terkait hal ini, Vice President (VP) Corporate Secretary KAI Commuter Anne Purba menyebut, dalam GAPEKA hasil penyesuaian pasca SO 5, pola operasi KRL Commuterline akan mengalami perubahan yang cukup signifikan untuk Bogor Line dan Bekasi/Cikarang Line.
Baca juga: Keluhkan Gangguan KRL, Pengguna: Seharusnya Jam Segini Sudah sampai Rumah
Secara umum, perubahan pola operasi KRL Commuterline akan dilakukan dengan mengikuti skema sebagai berikut.
1. Semua KRL Bogor Line menuju ke Stasiun Jakarta Kota
2. KRL Bekasi/Cikarang Line menggunakan 2 pola operasi
a. Full Racket (Looping)
Baca juga: Layanan Bus Transjakarta Rute Stasiun Manggarai - UI Depok (4B) Kembali Beroperasi
Cikarang/Bekasi – Jatinegara – Manggarai – Kampung Bandan – Pasar Senen – Jatinegara – Bekasi/Cikarang
Cikarang/Bekasi – Jatinegara – Pasar Senen – Kampung Bandan – Manggarai – Jatinegara – Bekasi/Cikarang