Selama mengabdi di Kopassus, sejumlah jabatan strategis pun diembannya mulai dari Komandan Batalyon 11 Grup 1 Kopassus Serang, Banten. Kemudian Wadan Grup 1 Kopassus. Setahun kemudian, Pramono Edhie Wibowo diangkat menjadi Asisten Operasi (Asops) Kopassus.
Dia juga pernah menjadi Komandan Grup 1 Kopassus Serang, Banten. Dan ajudan Presiden Megawati Soekarnoputri. Selepas menjadi ajudan Mega, karier Pramono Edhie Prabowo di Kopassus semakin melejit.