Penyebab kematiannya hingga kini tidak diketahui secara pasti, hanya dikisahkan bahwa Panembahan Hanyakrawati meninggal karena kecelakaan berburu kijang di Hutan Krapyak. Sementara itu, Babad Tanah Jawi memberitakan bahwa Panembahan Hanyakrawati meninggal di Krapyak karena sakit parah, tanpa kejelasan tentang penyakitnya.
Sumber lain, Babad Mataram, menyebutkan bahwa Panembahan Hanyakrawati wafat akibat diracun oleh Juru Taman Danalaya, abdi kesayangan raja sendiri. Abdi ini dikisahkan sering kali menimbulkan keonaran di lingkungan dengan menyamar menjadi Raja, sehingga menyesatkan para istri dan selir Raja. Kisah ini juga diinterpretasikan dalam "Suluk yang berisikan wejangan mistik Kanjeng Sunan Bonang pada abdi kesayangan Raja Majapahit.
(Nanda Aria)