Sementara itu, dikutip dari laman resmi MUI, sederet kontroversi dari Ponpes Al Zaytun sudah terjadi puluhan tahun yang lalu. Bahkan, MUI melalui bentukan tim peneliti khusus sudah mengungkap sederet fakta dan temuan pada 2002 terkait pesantren ini.
Kontroversi Pesantren ini terkait dengan doktrin ajaran, afiliasi kelembagaan, dan konsep keagamaan yang dipahaminya. Bahkan, beberapa pihak menilai pesantren ini sesat dan berbahaya.
Berikut temuan MUI pada 2002 lalu seperti ditemukan indikasi kuat adanya relasi dan afiliasi antara Al Zaytun dengan organisasi NII KW IX, baik hubungan yang bersifat historis, finansial, dan kepemimpinan.
Kemudian, terdapat penyimpangan paham dan ajaran Islam yang dipraktikkan organisasi NII KW IX. Seperti mobilisasi dana yang mengatasnamakan ajaran Islam yang diselewengkan, penafsiran ayat-ayat Alquran yang menyimpang dan mengafirkan kelompok di luar organisasi mereka.
Selain itu, juga ditemukan adanya indikasi penyimpangan paham keagamaan dalam masalah zakat fitrah dan kurban yang diterapkan pimpinan Al Zaytun, sebagaimana dimuat dalam majalah Al-Zaytun.
(Arief Setyadi )