Namun protes itu berujung pada dikeluarkannya Cak Nun dari Pondok. Meskipun hanya 2,5 tahun di sana, Gontor memberikan kesan mendalam baginya. Budaya santri mengakar kuat dalam dirinya sehingga ia memiliki disiplin pesantren.
Kemudian Cak Nun pindah ke Yogyakarta melanjutkan sekolah di SMP Muhammadiyah 4. Selanjutnya ia juga tamat SMA Muhammadiyah 1 bersama dengan teman karibnya, Busyro Muqoddas. Usai SMA, ia diterima di Fakultas Ekonomi UGM. Di kampus biru ini, Cak Nun bertahan hanya satu semester, atau tepatnya empat bulan saja.
(Fahmi Firdaus )