Dalam pemilihan presiden, Gus Dur dihadapkan dengan Megawati sebagai lawan yang berasal dari PDIP. Mulanya banyak pihak yang mengira Megawati akan menang. Namun, kenyataannya Gus Dur berhasil unggul dengan 373 suara, sedangkan Megawati 313 suara.
Gus Dur pun resmi menjadi Presiden RI keempat dengan Megawati sebagai wakilnya. Namun selepas 21 bulan menjadi orang nomor satu di negeri ini, Gus Dur pun diterpa berbagai isu kontroversial. Mulai dari tudingan Panitia Khusus (Pansur) DPR RI yang diduga menggunakan dana yayasan Bulog sebesar USD4 juta, hingga konflik dengan DPR.
Sikap saling serang antara presiden dengan DPR terus menjadi bola salju hingga akhirnya MPR yang kala itu diketuai oleh Amien Rais mengagendakan Sidang Istimewa pada 23 Juli 2001 untuk melengserkan Gus Dur dan menetapkan Megawati Soekarnoputri sebagai penggantinya.
Lengsernya Gus Dur dari kursi Presiden RI sempat membuat ribuan simpatisan garis keras hadir ke Istana Presiden untuk melakukan pengawalan. Bahkan setelah turun tahta, nyatanya isu-isu yang dituduhkan kepada Gus Dur tak pernah terbukti.
Demikian kisah Gus Dur dilengserkan dari kursi Presiden RI.
(Hafid Fuad)