Namun dibalik sifat kooperatifnya dengan Jepang, ia tetap mendukung penuh kemerdekaan Indonesia.
Pada 1 Juni 1945 Pakubuwono XI meninggal dunia dikarenakan sakit. Kemudian ia dimakamkan di Astana Girimulya, Imogiri, Bantul, Yogyakarta. Setelah ia meninggal masa kepemerintahannya digantikan oleh anaknya yaitu Pakubuwono XII.
(Fahmi Firdaus )