Pada akhirnya Sang Pangeran Diponegoro benar-benar diasingkan dengan dikirim menggunakan kapal ke Manado. Setidaknya ada 50 serdadu yang ditugaskan mengawal Pangeran Diponegoro dalam pelayaran dengan kapal ke Manado. Begitu juga ketika tiba nanti di tujuan residen wajib menyediakan pasukan dalam jumlah yang cukup, untuk memastikan pangeran tidak bakal kabur.
Karena statusnya sebagai tahanan negara, status kebangsawanannya dan tingkat pelanggarannya sang pangeran diberikan uang sebanyak 600 gulden. Uang itu digunakan sebagai tunjangan bulanan sebagaimana yang diterima Sultan Hamengkubuwana II saat diasingkan di Ambon pada tahun 1817 - 1825.
Putra-putri pangeran tak ada yang ikut sang pangeran, mereka diizinkan untuk kembali hidup di Tegalrejo oleh Van den Bosch dengan catatan tidak membahayakan Tanah Jawa. Para keluarga hanya diberikan draf dokumen untuk pembagian keris dan tombak pusaka Pangeran Diponegoro, yang diasingkan di Makassar.