Dari Semarang, Pangeran Diponegoro dibawa ke Batavia dan ditahan di ruang tahanan polisi di ruang bawah dimana Kiai Mojo dan rombongannya tak lama sebelumnya juga ditahan disitu selama satu tahun.
Dari sana sang pangeran kemudian dibawa ke Manado dengan kondisi yang memburuk. Tampak pemimpin Perang Jawa ini tulang pipinya agak cekung, akibat serangan malaria yang masih ia derita dan terus begitu sepanjang perjalanannya ke Manado.
Sementara Johannes Van dengan Bosch yang berada di Bogor, tengah berdiskusi dengan beberapa orang berdasarkan laporan pribadi mengenai Pangeran Diponegoro yang diberikan pengawal. Dari sana hukuman apa yang pantas diberikan ke sang pangeran disusun.
Keputusan akhir semua usulan untuk mengizinkan pangeran tetap berada di Pulau Jawa ditolak, sang pangeran diganti dengan hukuman pengasingan seumur hidup. Hal ini disebut demi "kedamaian" Pulau Jawa Diponegoro harus diperlakukan sebagai tahanan negara.