Adapun struktur kepengurusan MUI periode 2025–2030 yang terpilih dalam Munas XI MUI adalah sebagai berikut:
Pimpinan MUI 2025–2030:
- Ketua Dewan Pertimbangan MUI: KH Ma’ruf Amin
- Sekretaris Dewan Pertimbangan MUI: KH Zainut Tauhid Sa’adi
- Ketua Umum Dewan Pimpinan MUI: KH Anwar Iskandar
- Wakil Ketua Umum MUI: KH Cholil Nafis, Buya Anwar Abbas, KH Marsudi Syuhud
- Sekretaris Jenderal MUI: Buya Amirsyah Tambunan
- Bendahara Umum: Misbahul Ulum
Ketua Bidang MUI 2025–2030:
- Bidang Fatwa: Prof KH Asrorun Ni’am Sholeh
- Bidang Fatwa Metodologi: Gusrizal Gazahar
- Bidang Infokom: Masduki Baidlowi
- Bidang Dakwah: KH Abdul Manan Ghani
- Bidang Kerukunan: Abdul Moqsit Ghazali