Berbekal disertasi doktoral ‘Regional Autonomy and Patterns of Democracy in Indonesia’, Anies lulus pada 2005. Di kampus yang sama, sang istri, Fery juga meraih gelar S2-nya di bidang parenting education.
Dikarenakan pendidikan S2 dan S3-nya di Amerika berbekal beasiswa, “tipisnya dompet” Anies menghalanginya untuk segera pulang ke Tanah Air. Tapi dengan bekal gelar doktor itu pula pada 2004, Anies bisa dapat pekerjaan sebagai manajer penelitian IPC Inc di Kota Chicago.
Baru setahun kemudian Anies bisa pulang dan menjadi Direktur Riset Indonesian Institute. Sebuah organisasi yang fokus pada riset dan analisa kebijakan publik.
Pada 2006, Anies juga berkarier di Partnership for Governance Reform sebagai penasihat nasional. Sementara pada 15 Mei 2007, Anies menemui momen penting dan besar dalam kariernya saat terpilih menjadi Rektor Universitas Paramadina.